De missies in Californië werden bemand door een franciscaner priester of twee, en een half dozijn soldaten. De eerste richtte zich op spirituele en administratieve problemen en de laatste zorgde voor fysieke veiligheid voor de Spaanse belangen.
Missie-neofieten werden vaak fysiek gestraft. Ik nam aan dat de militaire eenheden naar goeddunken van de priesters geweld zouden hebben gebruikt. Lorenzo Asisara herinnerde zich echter dat in 1812 Donato, een neofiet in Mission Santa Cruz "werd gestraft door" Padre Andres Quintana met een zweep met draadtip. (Donato riep toen een groep bijeen, plande en voerde de marteling en moord op de padre uit.)
De bron is niet helemaal duidelijk over wie de zweep hanteerde. Dienden missiepriesters lijfstraffen toe, niet alleen om lijfstraffen?