Hoewel Caesar's oversteek van de Rubicon, die de grens van zijn provincie markeerde, veelbetekenend was omdat het het begin markeerde van volledige vijandelijkheden, was het geenszins zeker dat hij zou zegevieren. Volgens zowel Plutarch als Suetonius had Caesar twijfels in zijn hoofd toen hij de rivier bereikte. De laatste beweerde dat deze twijfels alleen werden weggenomen door de verschijning van een goddelijke verschijning. Appian schreef ook dat Caesar zich zorgen maakte, hoewel die meer te maken hadden met het bloedvergieten dat hij zou kunnen ontketenen, terwijl Cassius Dio geen enkele aarzeling noemt.

Verkeerde informatie over de omvang van het leger van Caesar bracht Pompeius en veel van de senatoren ertoe Rome niet lang daarna te verlaten. Volgens Appian en Plutarchus werd Pompeius ondanks zijn militaire ervaring door anderen tot deze actie gedwongen. Cassius Dio schrijft de verhuizing toe aan Pompeius uit angst dat de massa in Rome Caesar over hem zou steunen. Qua aantal had Pompeius een overmacht en rekruteerde hij meer troepen op het platteland. Het was rond deze tijd dat Labienus, Caesars oude plaatsvervanger in Gallië, zijn trouw aan Pompeius veranderde. Zelfs als hij ver verwijderd was van Caesar en bang was om gekwetst te worden, zoals Cassius Dio vermeldt, zou zo'n stap buitengewoon dwaas zijn geweest als Pompeius er al uitzag als een verloren zaak.

Na het consolideren van de macht in Italië en Spanje, Caesar stak de Adriatische Zee over. Zijn aanvoerlijnen werden echter doorgesneden en zijn nederlaag bij Dyrrachium had de oorlog wel eens kunnen beëindigen ten gunste van Pompeius. Dat dit niet gebeurde, was omdat de Pompeius overdreven voorzichtig was en volgens Caesar bang was voor een hinderlaag, omdat hij zijn verwachtingen in het gevecht ver overtrof.

Pas tijdens de laatste slag bij Pharsalus werden de zaken beslist, en zelfs daar bevond Caesar zich in een verre van solide positie. Hij had een tekort aan voorraden, maar kon ze alleen met ruwvoer bemachtigen. Volgens Caesar was het vertrouwen in het Pompeian-kamp zo groot dat sommige van zijn leden al priesterschappen toekenden en de verwachte buit verdeelden. Terwijl Pompeius overwoog Caesar door de hongerdood te verslaan, haalden zijn overmoedige ondergeschikten hem over om het veld in te nemen. Pompeius was ook in de minderheid dan Caesar en bezat de superieure cavalerie. Caesar's tactiek leidde echter tot de nederlaag van cavalerie, en als reactie daarop vluchtte Pompeius, en werd uiteindelijk vermoord in Egypte.

Toen Caesar zijn leger leidde over de rivier de Rubicon, vluchtte Pompeius naar Griekenland met zijn leger en het grootste deel van de Senaat.

In het begin leek het voordeel bij Pompeius te liggen. Hij voerde niet alleen het bevel over een groot leger, maar hij controleerde ook een groot deel van het Oosten en Spanje. Caesar pakte de situatie echter meesterlijk aan. Ten slotte verpletterde Caesar in 48 v.Chr. Het leger van Pompeius bij Pharsalus in Griekenland.

Pharsalus was het keerpunt. Caesar was niet genummerd en had gemakkelijk kunnen verliezen, maar hij was de betere generaal van die dag. Bedenk dat Pompeius destijds als de betere generaal tussen de twee werd beschouwd. Daarna was het een kwestie van tijd voordat hij de burgeroorlog beëindigde. Pompey werd later vermoord in Egypte en heeft dus nooit de kans gehad om te herstellen van de nederlaag bij Pharsalus.

Hier is een tijdlijn met gebeurtenissen uit de burgeroorlog tussen Caesar en Pompey (vervolgd door zijn partij na zijn dood)

50 - Caesar komt Italië binnen door de Rubicon over te steken met zijn leger

49 - Pompey evacueert Italië en arriveert in Griekenland

• Op weg naar Spanje begint Caesar met een belegering van Massilia, hij vertrekt naar Spanje en zijn ondergeschikten beëindigen het beleg met succes en winnen een zeeslag
• Caesar arriveert in Spanje, waar hij een overwinning behaalt op de troepen van Pompeï bij Ilerda
• Curio, een lid van Pompeius 'partij, wordt verslagen en gedood door troepen die loyaal zijn aan Caesar in Afrika

48 - Caesar keert terug naar Italië, steekt over naar Griekenland en wint ternauwernood de slag om Dyrrachium over Pompeius

• Pompeius trekt zich terug naar het oosten, hij ontmoet Caesar in Pharsalus in Thessalië, wordt verslagen, vlucht per boot naar Egypte en wordt vermoord op bevel van de adviseurs van Ptolemaeus XIII
• Caesar volgt Pompeius met een kleine troepenmacht naar Egypte, terwijl hij het grootste deel van zijn leger naar laag via Griekenland -> Klein-Azië -> Levant
• Caesar steunt Cleopatra VII in een burgeroorlog tegen haar broer / echtgenoot Ptolemaeus XIII en is betrokken bij straatgevechten in Alexandrië, waaruit hij nauwelijks als overwinnaar tevoorschijn komt
• Pharnaces II van Pontus, een aanhanger van Pompeius, verslaat Gnaeus Domitius Calvinus, een aanhanger van Caesar, in Nicopolis in Klein-Azië

47 - Na te zijn versterkt door zijn bondgenoot Mithridates van Pergamum , Caesar, samen met Cleopatra's strijdkrachten, haar broer verslaan buiten Alexandrië (Slag om de Nijl), waarmee een einde komt aan de Egyptische fase van de oorlog

• Caesar verzamelt zijn troepen, marcheert naar het noorden en verslaat Pharnaces op Zela in Klein-Azië (op welk moment Caesar naar verluidt "veni, vidi, vici" verklaart)
• Caesar keert terug naar Italië, onderdrukt een opstand in Campanië en vaart vervolgens naar Afrika

46 - Caesar verslaat ternauwernood zijn voormalige luitenant en huidige Pompeian, Titus Labienus in Ruspina in Noord-Afrika

• Caesar wint de grote slag bij Thapsus, in Noord-Afrika, tegen de grootste overblijfselen van Pompeius 'partij
• Caesar reist naar Spanje

45 - Caesar verslaat de laatste zak van Pompeiaans verzet in Munda in Spanje. Een van Pompeius 'zonen, Sextus, ontsnapt echter naar Sicilië, waar hij een machtsbasis opbouwt en zich verzet tegen Antonius en Octavianus tot 35 jaar, toen hij werd gevangengenomen en gedood in Milete.

Bronnen: